No se le reconocen subespecies diferentes al Pelícano Blanco Americano ( Pelecanus erythrorhynchos ). Existe una colonia en las costas de Texas con un comportamiento diferente al resto de la población de esta especie. No se les considera una variedad geográfica ya que no aparentan ninguna diferencia física.

Algunos zoólogos contemplan la posibilidad que este pelícano sea una subespecie del Pelícano Blanco del Viejo Mundo ( Pelecanus onocrotalus ). El argumento es que a no ser por la cresta sobre el pico no existen diferencias entre los dos pelícanos; y que la cresta no es suficiente característica para asignarle el estatus de especie al que tratamos aquí. Hay muchas seguidores de esta afirmación, pero la American Ornithologists' Union lo mantiene como especie y por eso lo presentamos como tal.